يتشكل مركز البحوث النفسية من عدد من الأقسام والشعب والوحدات ، فالأقسام العلمية تتمثل بما يأتي:

قسم البحوث والدراسات:

يتولى قسم البحوث والدراسات القيام بإجراء البحوث والدراسات الأساسية والتطبيقية والمسوحات الميدانية المتعلقة بقدرات الانسان العقلية والابداعية والقدرات فوق الحسية (التي تتمثل بقدرات التخاطر والجلاء الحسي والتنبؤ والتأثير عن بعد..الخ) ، والتطبيقات المتفرعة عنها او اية ظواهر اخرى ضمن هذا المجال، فضلا عن  القيام بالدراسات الاستطلاعية للرأي العام عن ما يستجد من الموضوعات التي تنبع من طبيعة عمل وأهداف المركز من كونه مؤسسة اكاديمية معرفية تصب خدماته في تحقيق التنمية المجتمعية.

وقد اقام القسم العديد من النشاطات والفعاليات البحثية المتمثلة بالمؤتمرات والندوات والحلقات النقاشية والمحاضرات وورشات العمل في موضوعات الاختصاص والموضوعات المقاربة ، كما شارك الباحثون في العديد  من المؤتمرات والندوات والحلقات النقاشية واسهموا في إلقاء المحاضرات العلمية والثقافية في المؤسسات الاكاديمية والمجتمعية.

قسم الاختبارات والمقاييس:

يتولى هذا القسم إجراء البحوث والدراسات الميدانية والتطبيقية والمختبرية المتعلقة ببناء وتطبيق وتقنين وتطوير الاختبارات والمقاييس المستخدمة في بحوث القدرات العقلية والإبداعية وقدرات الإدراك فوق الحسي  والشخصية والصحة النفسية وعموم الظواهر الباراسايكولوجية والنفسية وفي المجالات الأخرى ذات العلاقة، وبما يسهل ويطوّر الأقسام العلمية في أساليب التشخيص والعلاج والتدريب وكل ما له علاقة بذلك ويسهم في التنمية المجتمعية، فضلاً عن  توفير قاعدة من البيانات والاختبارات لذوي الاختصاص.

قسم التدريب والتطوير:

يتولى القسم إعداد وبناء برامج خاصة بذوي قدرات الادراك فوق الحسي والقدرات الابداعية والقدرات العقلية، وتهدف هذه البرامج الى تنمية وتطوير قدرات الفرد والجماعة المتنوعة في منظومتها المعرفية والانفعالية والسلوكية في اطار الشخصية الموحدة، فهناك برامج (للاسترخاء والتأمل ، التفكير العلمي، القراءة السريعة، الابداع التخاطر ، التنبؤ،...) ، وهذه البرامج ذات مدد  زمنية متنوعة، فمنها القصيرة والمتوسطة والطويلة الامد وتضمن فئات عمرية وثقافية متنوعة.